Algunas de las diferencias principales entre la Revisoría Fiscal y la auditoría independiente o externa son:
q Origen del nombramiento. Para la Revisoría Fiscal es de carácter obligatorio en sociedades anónimas; en la auditoría independiente, el nombramiento es voluntario, en cualquier tipo de persona jurídica o natural, generalmente por necesidades del servicio.
q Responsabilidad por el trabajo y por el dictamen. En la Revisoría Fiscal una sola persona natural. En su ausencia no hay quien la sustituya, a excepción de su suplente el cual es nombrado en idénticas circunstancias que el principal. En la Auditoría Externa generalmente son varios profesionales de la Contaduría Pública, asociados mediante una persona jurídica colectiva y su vínculo es un contrato civil. Un contador público puede ejecutar en forma personal la auditoría en forma externa y su vínculo será también civil.
q Independencia profesional. En la Revisoría Fiscal la independencia tiene limitaciones por el hecho de que al permitirse su reelección se puede crear un conflicto de interés entre los resultados de su examen y su reelección, lo que ha originado en la práctica revisores fiscales de bolsillo que olvidan su función de control y han originado el desprestigio de esta figura y dos crisis en entidades financieras. La Ley permite la relación de dependencia laboral, la cual no limita la independencia frente a terceros por el origen del nombramiento, pero la realidad es que desde la expedición de la ley 50 de 1990 los revisores fiscales se contratan por medio de contratos civiles. En cuanto a la auditoría Externa la independencia es absoluta como lo exigen las normas profesionales.
q Terminología usada en el dictamen. Aunque no es una diferencia significativa, en la Revisoría Fiscal el profesional expresa su dictamen siempre en singular de primera persona del singular. En la auditoría independiente el dictamen se redacta indistintamente en primera persona del singular o del plural según sea una persona natural o un persona jurídica.
q Firma usada en el dictamen. En la Revisoría Fiscal es la firma autógrafa de persona natural, Contador Público. En la Auditoría Externa la firma autógrafa de una persona natural, Contador Público, generalmente a nombre de la persona jurídica.
Ejercicio personal. La Revisoría Fiscal se debe ejercer siempre en forma personal, aunque se puede designar una firma de contadores en la Revisoría Fiscal, esta firma debe nombrar una persona natural para desempeñarse como revisor fiscal. En la auditoría independiente puede ejercerse por una persona natural o jurídica.